L'habitat de nombreux cours d'eau a souffert de l'activité humaine (aménagements hydrauliques, routiers ou agricoles, extractions intensives, ...) ou d'événements naturels (crues, ...). Ces dégradations se sont répercutées sur la faune et la flore, mais aussi sur les poissons.
La mise en place d'aménagements piscicoles a donc pour objectif de restaurer la diversité et la dynamique naturelle du milieu aquatique dégradé et de faciliter la libre circulation des poissons ainsi que leur reproduction.

Exemple : La réalisation d'un seuil piscicole